ویژگی های ژنومی و آنالیز فیلوژنتیک سویه ایرانی با دامنه میزبانی محدود زانتوموناس سیتری زیرگونه سیتری NIGEB-88

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دکتری، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران

2 استادیار، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران

3 دانشیار، گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه سیستان و بلوچستان، زاهدان

چکیده

سابقه و هدف: باکتری زانتوموناس سیتری زیرگونه سیتری (Xcc) عامل بیماری شانکر در مرکبات است. نتایج به دست آمده از آزمون های تشخیصی اولیه، نشان دهنده وجود سویه هایی با دامنه میزبانی گسترده (فرم بیماری زای A) و محدود (فرم های بیماری زای A* و Aw) در ایران است. با این حال، آنالیزهای تفکیکی جدید انجام شده در سال 2014 بر مبنای نتایج MLVA-14  وMLVA-31  نشان می دهد که این سویه ها از نظر ژنتیکی تنها به فرم بیماری زای A* تعلق دارند. این مطالعه با هدف بررسی ویژگی های ژنومی و آنالیز فیلوژنتیک سویه XccA* NIGEB-88  باکتری زانتوموناس سیتری زیرگونه سیتری با دامنه میزبانی محدود انجام شد.

مواد و روش ها: در این مطالعه به منظور به دست آوردن اطلاعات بیشتر درباره ویژگی های ژنتیکی و روابط فیلوژنتیک سویه های ایرانی باکتری زانتوموناس سیتری، با استفاده از روش Illumina ژنوم سویه ایرانی NIGEB-88 به طور کامل  تعیین توالی و به وسیله نرم افزارهای مختلف بررسی شد.

یافته ها: مشخصات کلی ژنوم مانند اندازه، تعداد پلاسمیدها، میانگین محتوای GC، تعداد مناطق کد کننده پروتئینی و ساختار RNA سویه ایرانی مورد مطالعه، مشابه با سویه های فرم های بیماری زای دیگر باکتری Xcc بود. همچنین مطالعه عوامل بیماری زای بالقوه و عوامل شرکت کننده در تعیین دامنه میزبانی، مانند افکتورهای سیستم ترشحی تایپ 3، اجزای سیستم ترشحی تایپ 4 و لیپوپلی ساکاریدهای سطحی نشان داد که شباهت زیادی با سویه های دو فرم بیماری زای A و Aw وجود دارد.

نتیجه گیری: نتایج آنالیزهای فیلوژنتیکی و بررسی ژن های بیماری زایی و تعیین دامنه میزبانی نشان داد که سویه ایرانی XccA*NIGEB-88 ، شباهت زیادی به سویه ایرانی XccA*NIGEB-386 و سویه های فرم بیماری زای A* با دامنه میزبانی محدود دارد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات