راه‌اندازی روش real-time PCR به منظور شناسایی مستقیم حساسیت به کلاریترومایسین در هلیکوباکتر پیلوری

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشگاه آزاد اسلامی، واحد جهرم، باشگاه پژوهشگران جوان

2 دانشگاه آزاد اسلامی، واحد جهرم، گروه میکروبیولوژی

3 مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرکرد

چکیده

سابقه و هدف: مقاومت هلیکوباکتر پیلوری به کلاریترومایسین تا حد قابل توجهی باعث کاهش اثرات درمانی داروی مذکور گردیده است. هدف از این پژوهش ارزیابی روش مستقیم real-time PCR و مقایسه آن با روش دیسک دیفیوژن برای شناسایی مقاومت به کلاریترومایسین در هلیکوباکتر پیلوری می باشد.
مواد و روش‌ها: این پژوهش به‌صورت تجربی برروی 45 نمونه بیوپسی تهیه شده از بیماران دارای اختلالات گوارشی انجام شد. در تمامی نمونه‌های مورد بررسی وجود هلیکوباکتر پیلوری با کشت، RUT و PCR معمولی تایید گردید. همچنین مقاومت به کلاریترومایسین با استفاده از روش CLSI (Clinical and Laboratory Standard Institute) و real-time PCR با استفاده از پروب اختصاصی ناحیه پپتیدیل ترانسفراز ژن 23S rRNA هلیکوباکتر پیلوری انجام شد.
یافته‌ها: با استفاده از روش دیسک دیفیوژن، 20 نمونه حساس (44/44%) و 25 نمونه مقاوم (56/55%) به کلاریترومایسین شناسایی گردید. اما با استفاده از روش real-time PCR در 20 نمونه ژنوتیپ مقاوم (44/44%)، 5 نمونه ژنوتیپ مخلوط (11/11%) و در 20 نمونه ژنوتیپ حساس (44/44%) به کلاریترومایسین شناسایی گردید. همچنین نتایج نشان داد که حساسیت این تکنیک برابر 40 باکتری یا 80 کپی از ژن 23S rRNA می باشد.
نتیجه گیری: نتایج نشان داد که روش real-time PCR دارای حساسیت و دقت مناسبی برای شناسایی مقاومت به کلاریترومایسین در کمترین زمان ممکن است.

کلیدواژه‌ها


Lascols C, Lamarque D, Costa J.M, Copie-Bergman C, Glaunec J.M.L, Deforges L, Soussy C.J, Petit J.C, Delchier J.C, and Tankovic J (2003) Fast and Accurate Quantitative Detection of Helicobacter pylori and Identification of Clarithromycin Resistance Mutations in H. pylori Isolates from Gastric Biopsy Specimens by Real-Time PCR J Clin Microbiol 41 (10), 4573-4577
Liu Z, Shen J, Zhang L, Shen L, Li Q, Zhang B, Zhou J, Gu L, Feng G, Ma J, You WC and Deng D. (2008) Prevalence of A2143G mutation of H. pylori-23S rRNAin Chinese subjects with and without clarithromycin use history BMC Microbiology 8 (81)
Lottspeich C, Schwarzer A, Panthel K, Koletzko S, and Russmann H. (2007) Evaluation of the Novel Helicobacter pylori ClariRes Real-Time PCR Assay for Detection and Clarithromycin Susceptibility Testing of H. pylori in Stool Specimens from Symptomatic Children J Clin Microbiol 45 (6), 1718-1722
Oleastro M, Menard A, Santos A, Lamouliatte H, Monteiro L, Barthelemy P, and Me´graud F (2003) Real-Time PCR Assay for Rapid and Accurate Detection of Point Mutations Conferring Resistance to Clarithromycin in Helicobacter pylori J Clin Microbiol 41 (1), 397-402
Kargar M, Baghernejad M, Doosti A (2009) Evaluation of metronidazole resistance Helicobacterpylori strains isolated from Shahrekord Medical Journal of Islamic Azad University Tehran Medical Branch 19 (3), 193-196
Kargar M. Ghorbani-Dalini S. Doosti A. Souod N (2011) Real-Time PCR Assay Using Allele- Specific TaqMan probe for Detection of Clarithromycin Resistance and Its Point Mutations in Helicobacter Pylori Journal of Isfahan Medical School 29 (126)
Chisholm SA, Owen RJ, Teare EL, and Saverymuttu S (2001) PCR-Based Diagnosis of Helicobacter pylori Infection and Real-Time Determination of Clarithromycin Resistance Directly from Human Gastric Biopsy Samples J Clin Microbiol 39 (4), 1217-1220
Schabereiter-Gurtner C, Hirschl A.M, Dragosics B, Hufnagl P, Puz S, Kova´ch Z, Rotter M, Makristathis A (2004) Novel Real-Time PCR Assay for Detection of Helicobacter pylori Infection and Simultaneous Clarithromycin Susceptibility Testing of Stool and Biopsy Specimens J Clin Microbiol 42 (10), 4512-4518
Matsumura M, Hikiba Y, Ogura K, Togo G, Tsukud I, Ushikawa K, Shiratori Y, Omata M (2001) Rapid Detection of Mutations in the 23S rRNA Gene of Helicobacter pylori That Confers Resistance to Clarithromycin Treatment to the Bacterium J Clin Microbiol 39 (2), 691-695
Huang J. Q, Sridhar S, and Hunt R.H. (2002) Role of Helicobacter pylori infection and nonsteroidal anti-inflammatory drugs in peptic-ulcer disease: a meta-analysis Lancet, (359), 14-22
Ernst, P.B, Gold B.D. (2000) The disease spectrum of Helicobacter pylori: the immunopathogenesis of gastroduodenal ulcer and gastric cancer Annu. Rev. Microbiol 54, 615-640
Ghorbani-Dalini S, Kargar M, Doosti A (2010) Direct Detection and Identification of Clarithromycin Resistance Point Mutations in Helicobacter pylori Strains Isolated from Biopsy Specimens by Real-Time PCR Assay School of biology, Islamic Azad University, Jahrom Branch, Jahrom, Iran
Fontana C, Favaro M, Pietroiusti A, Pistoia ES, Galante A, Favalli C (2003) Detection of Clarithromycin-Resistant Helicobacter pylori in Stool Samples J Clin Microbiol 41 (8), 3636-3640
Kargar M, Baghernejad M, Doosti A (2010) Prevalence of A2143G, A2142G and A2142C mutations in producing Helicobacter pylori strains resistance to clarithromycin in Charmahal and Bakhtiari Province Scientific Journal of Kurdistan University of Medical Sciences 14 (54), 72-78